База данных структурных мотивов белков: биологические и физико-химические свойства
Лицензия:  CC BY-SA
611
55

База данных структурных мотивов белков: биологические и физико-химические свойства

Доступ: Доступен всем пользователям подсказка
Дата обновления: 02.02.2024
Теги:
ибмх, биоинформатика, аннотаця белков, промеотика, разработка лекарств

Описание

Набор данных создан с использованием технологий машинного обучения, нейронных сетей и содержит аннотации биологических и физико-химических свойств структурных мотивов белков. Аннотация включает параметры для: белка (название белка, название организма, код таксономической группы, биологический процесс и функция белка); структурного мотива белка (тип мотива, цепь в белке, локус и длина, аминокислотная последовательность, физико-химические свойства); эксперимента (источник структуры белка, разрешение структуры, экспериментальный метод и название эксперимента).

Набор данных предназначен для проведения структурного анализа белков, ассоциированных с развитием заболеваний, в том числе аберрантных форм белков, которые образованы вследствие аминокислотных замен, модифицирования после синтеза. Набор данных может применяться для решения прикладных медико-биологических задач, таких как разработка новых подходов к диагностике заболеваний, изучение молекулярных основ патогенеза, выявление мишеней белкового происхождения для лекарственных средств и проектирование миметиков (белков с заданными свойствами).

Набор данных содержит 3.96 млн аннотаций структурных мотивов в белковых структурах с указанием внутренних координат. Обновление версии набора данных выходит не реже одного раза в год. Набор доступен в формате CSV.

Применили датасет в исследовании?
Укажите его в источниках

cooperation-gov
Цитирование помогает платформе ИНИД становиться популярнее и добавлять больше данных в каталог
подсказка

Характеристики датасета

Использование

Лицензия
Доступ подсказка
Доступен всем пользователям

Предоставление данных

Формат
CSV

Характеристики набора

Количество наблюдений
3960000

Обновления

Размещено
02.02.2024
Обновлено
02.02.2024
Частота обновления
Ежегодно
Дата следующего обновления
не указано

Происхождение

Источники данных

Институт биомедицинской химии имени В. Н. Ореховича

Применили датасет в исследовании?
Укажите его в источниках

cooperation-gov
Цитирование помогает платформе ИНИД становиться популярнее и добавлять больше данных в каталог
подсказка
Структура набора данных
data_share (data_share)
arrow-down-grey arrow-top-green
Атрибут Описание Количество пропусков (NaN) (шт/%) Единица измерения ОКЕИ Формат
experiment_id Идентификатор трехмерной структуры в Protein Data Bank 0 string
uniprot_id Идентификатор белка в базе знаний UniProt 1330 string
protein_name Название белка 101949 string
chain_id Идентификатор белковой цепи в экспериментальной структуре 98257 string
resolution Разрешение трехмерной структуры белка 2712626 numeric
experiment_type Тип эксперимента, в котором получена трехмерная структура белка. 0 string
biological_process Биологический(е) процесс(ы), в которых участвует белок 2436633 string
molecular_function Функция(и), которую выполняет белок в клетке/организме 2006228 string
fasta Аминокислотная последовательность структурного мотива в формате однобуквенного кода 0 string
apfid Уникальный идентификатор мотива, который содержит указание на экспериментальную структуру, позиции начала и конца мотива 0 string
motif_type Тип структурного мотива 0 string
motif_len Длина структурного мотива 0 integer
motif_start Позиция начала структурного мотива в цепи белка 1567 integer
motif_end Позиция конца структурного мотива в цепи белка 1567 integer
organism Название организма, которому принадлежит белок (англ) 98257 string

Описание

Набор данных создан с использованием технологий машинного обучения, нейронных сетей и содержит аннотации биологических и физико-химических свойств структурных мотивов белков. Аннотация включает параметры для: белка (название белка, название организма, код таксономической группы, биологический процесс и функция белка); структурного мотива белка (тип мотива, цепь в белке, локус и длина, аминокислотная последовательность, физико-химические свойства); эксперимента (источник структуры белка, разрешение структуры, экспериментальный метод и название эксперимента).