Набор данных создан с использованием технологий машинного обучения, нейронных сетей и содержит аннотации биологических и физико-химических свойств структурных мотивов белков. Аннотация включает параметры для: белка (название белка, название организма, код таксономической группы, биологический процесс и функция белка); структурного мотива белка (тип мотива, цепь в белке, локус и длина, аминокислотная последовательность, физико-химические свойства); эксперимента (источник структуры белка, разрешение структуры, экспериментальный метод и название эксперимента).
Набор данных предназначен для проведения структурного анализа белков, ассоциированных с развитием заболеваний, в том числе аберрантных форм белков, которые образованы вследствие аминокислотных замен, модифицирования после синтеза. Набор данных может применяться для решения прикладных медико-биологических задач, таких как разработка новых подходов к диагностике заболеваний, изучение молекулярных основ патогенеза, выявление мишеней белкового происхождения для лекарственных средств и проектирование миметиков (белков с заданными свойствами).
Набор данных содержит 3.96 млн аннотаций структурных мотивов в белковых структурах с указанием внутренних координат. Обновление версии набора данных выходит не реже одного раза в год. Набор доступен в формате CSV.
Институт биомедицинской химии имени В. Н. Ореховича
| Атрибут | Описание | Количество пропусков (NaN) (шт/%) | Единица измерения | ОКЕИ | Формат |
|---|---|---|---|---|---|
| experiment_id | Идентификатор трехмерной структуры в Protein Data Bank | 0 | string | ||
| uniprot_id | Идентификатор белка в базе знаний UniProt | 1330 | string | ||
| protein_name | Название белка | 101949 | string | ||
| chain_id | Идентификатор белковой цепи в экспериментальной структуре | 98257 | string | ||
| resolution | Разрешение трехмерной структуры белка | 2712626 | numeric | ||
| experiment_type | Тип эксперимента, в котором получена трехмерная структура белка. | 0 | string | ||
| biological_process | Биологический(е) процесс(ы), в которых участвует белок | 2436633 | string | ||
| molecular_function | Функция(и), которую выполняет белок в клетке/организме | 2006228 | string | ||
| fasta | Аминокислотная последовательность структурного мотива в формате однобуквенного кода | 0 | string | ||
| apfid | Уникальный идентификатор мотива, который содержит указание на экспериментальную структуру, позиции начала и конца мотива | 0 | string | ||
| motif_type | Тип структурного мотива | 0 | string | ||
| motif_len | Длина структурного мотива | 0 | integer | ||
| motif_start | Позиция начала структурного мотива в цепи белка | 1567 | integer | ||
| motif_end | Позиция конца структурного мотива в цепи белка | 1567 | integer | ||
| organism | Название организма, которому принадлежит белок (англ) | 98257 | string |
Номер телефона подтвержден
Код подтверждения неверный
